Resumo

SisGen é um sistema de anotação genômica produzido no Laboratório de Bioinformática da EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia. O sistema integra programas de análise e visualização de seqüências nucleotídicas e cromatogramas originas produzidos em equipamentos de sequenciamento automático (Megabace, ABI 3700, ABI 3100). Após a análise de qualidade dos cromatrogramas (PHRED) e eliminação de seqüências de vetores a serem selecionados, a qualidade da seqüência e o banco de dados para a busca.

A segurança dos bancos de dados gerados é garantida pelo sistema utilizando contas e senhas próprias para cada usuário.

O SisGen foi elaborado com a vantagem da linguagem JAVA e sua portabilidade, que permite a execução do programa em sistemas operacionais LINUX, WINDOWS e MAC. Além desta vantagem o sistema foi montado sob a arquitetura CORBA (Common Object Request Broker Architecture) que define uma plataforma de orientação de objetos com uma linguagem para descrição de interfaces com mapeamentos padronizados em diversas linguagens para um conjunto de serviços básicos.

O sistema ainda se encontra em desenvolvimento e sugestoes sao sempre bem-vindas. Envie um e-mail para softadm@genoma.cenargen.embrapa.br.

Para se tornar usuario:

1. Solicite cadastramento no sistema:

a.  Preencha este formulario (arquivo do Acrobat (.PDF)), salve-o no seu disco e anexe a uma mensagem para  para softadm@genoma.cenargen.embrapa.br com o titulo cadastramento .

b. O softadm respondera com os seguintes dados:
- Login do usuario.
- Senha sugerida, que devera ser alterada pelo usuario no primeiro acesso ao sistema.
- Data de criacao do banco de dados.
- Nome do banco de dados.

2. Intalacao do JAVA e utilizacao no SisGen.

Para instalar, atualizar e utilizar o programa SisGen e suas novas versoes, voce precisa ter o JAVA instalado. Clique no link para instalar (ou atualizar sua versão). Note que nao é necessário fazer o Download Manual oferecido na página. A página vai se encarregar de verificar e atualizar a versão do Java no micro em que voce está. Instalar / Atualizar Java.

O processo estará completo quando aparecer a mensagem "Java Software Installed".

Apos a instalacao do Java voce ja pode utilizar o SisGen.

a. Clique no link : SisGen

b. Aguarde o download do sitema. O download sera realizado na primeira vez da utilizacao do sistema, ou caso tenha sido feita alguma atualizacao em seu codigo fonte.